即将走出版权官司困扰的周志农，在1996年5月的时候，已经意识到《自然码》的升级远比自己官司的胜负重要。作为《自然码》作者、著作权人，周志农究竟“有没有侵犯《自然码》的著作权，能否最终取消超想公司《自然码》著作权使用资格”，今后法律自有公论，急也没有用。而且，版权官司只是他和超想公司之间的事，而旧的《自然码》在Win95下“不稳定，不方便，功能不全，智能化处理弱”却是几十万《自然码》用户共同的事。
看着许多《自然码》忠实用户，忙乱地在DOS下输入纯文本，然后在Word里面排版的局促，周志农觉得完成一个成熟的能在WIN3.2、Win95下稳定运行的《自然码》已经刻不容缓了。周志农说：“软件持续升级是程序员在软件发售之初就对用户许下的诺言。这个诺言要一直履行到绝大多数用户彻底抛弃这个软件为止。那种因为公司商业利益或者“长远打算”，而中途停止软件升级的做法是极端不负责任的。怎么能看着那些积累了大量自定义词，早已得心应手，每天都离不开《自然码》的忠实用户去尝试着改变习惯，改用其它听起来神乎，但并十分不好用的输入法呢？重新熟悉，重新适应、重新积累用户词库对用户来说是一件无比痛苦的事。”所以，周志农在今年5月份推出的《自然码》6.0最新版的README中，第一句话就是，对久等了的用户表示深深的歉意。这是一个优秀程序员应有的品味。面对一次又一次失败的合作，一次又一次地被现实愚弄，周志农仍然书生气十足地相信计算机领域没有合作就不可能有大的发展，目前国内软件开发已经从个人单打独斗发展到了分工合作。
1995年初，周志农找到了志同道合的朋友杜红超、王磊、何公道和高岩文。王磊和何公道是《英汉通》、《即时通》的主创人员。由于《英汉通》是字典软件和输入法比较相似，所以王磊和何公道写起《自然码》来，驾轻就熟。周志农一再强调：“得到他们的相助，真是三生有幸。当然，这要感谢洪涛公司的总经理杜红超的介绍和其他人的支持和帮助，杜红超为了《自然码》6.0版，做出了很大牺牲，因为王磊和何公道同时也在做《英汉通》新版，开发《自然码》必然要分散他们一部分精力。”。《自然码》6.0版刚刚完成，便在社会引起了很大反映，很多用户提前将升级费寄来，但周志农却不急着将不成熟的软件当正版卖给用户。《自然码》6.0版去年11月就出来了，但是正式版却在是今年5月20日才正式发行，这中间曾多次给最初的用户做免费升级。《自然码》6.0版推出以后，让周志农颇为意外的是，卖的最好的居然是480元一套增强版，而不是价格才30元注册版。通过了解，才知道其中的原因是：使用自然码的用户往往很集中，一个单位开始有一个人用，后来大家发现《自然码》的确易学好用，便纷纷从全拼改到了《自然码》。这样一个单位买一套《自然码》，全单位都可以用，而注册版则只能在一台机器上使用。
对于《自然码》6.0版的定价，有人说过高，对此，周志农是这样看的：“产品价位虽然重要，但产品质量和稳定性更重要。有些软件制作时间短，投资少，急急忙忙地推出，结果漏洞百出。对于用户来说，买了这样的软件再便宜也是浪费，也是白花钱。《自然码》不是为了给人试试看的，而是要让用户长期使用的，只有保持适当的价位才能真正为用户负责到底。”《自然码》从最开始的第一版就比同类其它软件的价格高，现在也仍然是这样。这就是周志农关于性能价格比的看法。
程序高手出身的北京金山总经理雷军曾经对我说：“《自然码》的加密是我做的，我读过周志农的源程序，他的程序写得效率很高，很精致。周志农应该是80年代，中国最好的程序员。”如此之高的评价，不知是否有雷军和周志农私交不错的原因。《自然码》6.0版推出以后，周志农在开发上并没有稍作停留，在完成了DOS版的BIG5码输入以后，他又坐在两年前花1万多元买的17英寸MAG显示器前，忙着改进、规范《自然码》的新形旁，构思语句缓冲输入以及Windows版的BIG5输入的总体框架。看着在计算机前忘我工作，且兴趣盎然的周志农，你绝对想不到他已经是36岁的人了。